ПОЛНОГЕНОМНЫЙ ПОИСК АССОЦИАЦИЙ С ПРОДУКТИВНЫМИ КАЧЕСТВАМИ У ОТЕЧЕСТВЕННЫХ ПОРОД ЛОШАДЕЙ

Индира Бейшова; Диляра Гриценко; Малика Шамекова; Александр Пожарский; Татьяна Ульянова; Александр Ковальчук

doi:10.37884/4-2023/02

Аннотация

В настоящей работе представлены результаты полногеномного поиска ассоциаций однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) с продуктивными качествами у отечественных пород лошадей, полученные на основании данных SNP-генотипирования животных, проведенного с помощью набора реагентов Equine 80k HTS («Illumina Inc.», США). Объектом исследований являлись лошади следующих пород и типов: казахской типов джабе (n = 631), адай (n = 303) и найман (n = 158), мугалжарской (n = 584), кушумской (n = 226) и костанайской (n = 116) пород. Сбор информации по фенотипическим данным лошадей проводили до отбора проб, при этом измеряли следующие показатели: высота в холке, косая длина туловища, обхват груди, обхват пясти и живую массу. Общее число SNP, отобранных по результатам контроля качества, составило 60 987. Полногеномный поиск ассоциаций был проведен с помощью линейной регрессии с адаптивным методом перестановок Монте-Карло с коррекцией p-значения для множественных сравнений в программе PLINK1.9. В ходе анализа были выявлены 60 полиморфизмов, сцепленных с генами, участвующими в регуляции процессов развития соединительной ткани и костной системы, нервной системы, регуляции иммунной системы и других процессах. Проведенная работа подтвердила актуальность применения подобного подхода в полногеномно-ассоциативных исследованиях для детектирования единичных SNP, связанных с отдельными признаками.

полногеномный поиск ассоциаций лошади тип джабе адайский тип найманский тип мугалжарская порода кушумская порода костанайская порода SNP

01 Введение

Полный текст статьи доступен для скачивания в формате PDF на панели справа.

02 Список литературы

1. Wade C.M. Genome Sequence, Comparative Analysis, and Population Genetics of the Domestic Horse [Text] / C.M. Wade, E. Giulotto, S. Sigurdsson, et al. // Science. – 2009. – V. 326. – P. 865-867.
2. Finno C.J. Applied equine genetics [Text] / C.J. Finno, D.L. Bannasch // Equine Veterinary Journal. - 2014. – V. 46. – P. 538-544.
3. Hill E.W. A genome-wide SNP-association study confirms a sequence variant (g.66493737C>T) in the equine myostatin (MSTN) gene as the most powerful predictor of optimum racing distance for Thoroughbred racehorses [Text] / E.W. Hill, B.A. McGivney, J. Gu, et al. // BMC Genomics. – 2010. – V. 11. – P. 552-1-552-10.
4. Rieder S. Molecular tests for coat colours in horses [Text] / S. Rieder // J Anim Breed Genet. – 2009. – V. 126. – P. 415-424.
5. Brosnahan M.M. Equine clinical genomics: A clinician's primer [Text] / M.M. Brosnahan, S.A. Brooks, D.F. Antczak // Equine Vet. – 2010. – V. 42. – P. 658-670.
6. Chang C.C. Second-generation PLINK: rising to the challenge of larger and richer datasets [Text] / C.C. Chang, C.C. Chow, L.C. Tellier, et al. // GigaScience. - 2015. – V. 4. – P. 7-1-7-16.
7. Бейшова И.С. Изучение генетического разнообразия отечественных пород лошадей с использованием полногеномного анализа SNP [Текст] / И.С. Бейшова, Д.А. Гриценко, М.Х. Шамекова, А.С. Пожарский, Т.В. Ульянова, А.М. Ковальчук // Izdenister Natigeler. – 2023. - № 3 (99). - С. 48-58.
8. McLaren W. The Ensembl Variant Effect Predictor [Text] / W. McLaren, L. Gil, S.E. Hunt, et al. // Genome Biology. – 2016. – V. 17. – P. 122-1-122-14.
9. Sherman B.T. DAVID: a web server for functional enrichment analysis and functional annotation of gene lists (2021 update) [Text] / B.T. Sherman, M. Hao, J. Qiu, et al. // Nucleic Acids Research. - 2022. – V. 50. – P. 216-221.
10. Bailey E. Genetics of Thoroughbred Racehorse Performance [Text] / E. Bailey, J.L. Petersen, T.S. Kalbfleisch // Annual Review of Animal Biosciences. - 2022. – V. 10. – P. 131-150.
11. Raudsepp T. Ten years of the horse reference genome: insights into equine biology, domestication and population dynamics in the post-genome era [Text] / T. Raudsepp, C.J. Finno, R.R. Bellone, J.L. Petersen // Animal Genetics. - 2019. – V. 50. – P. 569-597.

Ссылки для цитирования

[1]2023. ПОЛНОГЕНОМНЫЙ ПОИСК АССОЦИАЦИЙ С ПРОДУКТИВНЫМИ КАЧЕСТВАМИ У ОТЕЧЕСТВЕННЫХ ПОРОД ЛОШАДЕЙ. Izdenister natigeler. 4 (100) (Dec. 2023), 11–19. DOI:https://doi.org/10.37884/4-2023/02.

(1)ПОЛНОГЕНОМНЫЙ ПОИСК АССОЦИАЦИЙ С ПРОДУКТИВНЫМИ КАЧЕСТВАМИ У ОТЕЧЕСТВЕННЫХ ПОРОД ЛОШАДЕЙ. Izdenister natigeler 2023, No. 4 (100), 11-19. https://doi.org/10.37884/4-2023/02.

ПОЛНОГЕНОМНЫЙ ПОИСК АССОЦИАЦИЙ С ПРОДУКТИВНЫМИ КАЧЕСТВАМИ У ОТЕЧЕСТВЕННЫХ ПОРОД ЛОШАДЕЙ. (2023). Izdenister Natigeler, 4 (100), 11-19. https://doi.org/10.37884/4-2023/02

ПОЛНОГЕНОМНЫЙ ПОИСК АССОЦИАЦИЙ С ПРОДУКТИВНЫМИ КАЧЕСТВАМИ У ОТЕЧЕСТВЕННЫХ ПОРОД ЛОШАДЕЙ. Izdenister natigeler, [S. l.], n. 4 (100), p. 11–19, 2023. DOI: 10.37884/4-2023/02. Disponível em: https://kazvetjournal.kaznaru.edu.kz/index.php/research/article/view/427. Acesso em: 15 sep. 2026.

“ПОЛНОГЕНОМНЫЙ ПОИСК АССОЦИАЦИЙ С ПРОДУКТИВНЫМИ КАЧЕСТВАМИ У ОТЕЧЕСТВЕННЫХ ПОРОД ЛОШАДЕЙ”. 2023. Izdenister Natigeler, no. 4 (100) (December): 11-19. https://doi.org/10.37884/4-2023/02.

“ПОЛНОГЕНОМНЫЙ ПОИСК АССОЦИАЦИЙ С ПРОДУКТИВНЫМИ КАЧЕСТВАМИ У ОТЕЧЕСТВЕННЫХ ПОРОД ЛОШАДЕЙ” (2023) Izdenister natigeler, (4 (100), pp. 11–19. doi:10.37884/4-2023/02.

[1]“ПОЛНОГЕНОМНЫЙ ПОИСК АССОЦИАЦИЙ С ПРОДУКТИВНЫМИ КАЧЕСТВАМИ У ОТЕЧЕСТВЕННЫХ ПОРОД ЛОШАДЕЙ”, Izdenister natigeler, no. 4 (100), pp. 11–19, Dec. 2023, doi: 10.37884/4-2023/02.

“ПОЛНОГЕНОМНЫЙ ПОИСК АССОЦИАЦИЙ С ПРОДУКТИВНЫМИ КАЧЕСТВАМИ У ОТЕЧЕСТВЕННЫХ ПОРОД ЛОШАДЕЙ”. Izdenister Natigeler, no. 4 (100), Dec. 2023, pp. 11-19, https://doi.org/10.37884/4-2023/02.

“ПОЛНОГЕНОМНЫЙ ПОИСК АССОЦИАЦИЙ С ПРОДУКТИВНЫМИ КАЧЕСТВАМИ У ОТЕЧЕСТВЕННЫХ ПОРОД ЛОШАДЕЙ”. Izdenister natigeler, no. 4 (100) (December 6, 2023): 11–19. Accessed September 15, 2026. https://kazvetjournal.kaznaru.edu.kz/index.php/research/article/view/427.

1.ПОЛНОГЕНОМНЫЙ ПОИСК АССОЦИАЦИЙ С ПРОДУКТИВНЫМИ КАЧЕСТВАМИ У ОТЕЧЕСТВЕННЫХ ПОРОД ЛОШАДЕЙ. Izdenister natigeler [Internet]. 2023 Dec. 6 [cited 2026 Sep. 15];(4 (100):11-9. Available from: https://kazvetjournal.kaznaru.edu.kz/index.php/research/article/view/427

1.ПОЛНОГЕНОМНЫЙ ПОИСК АССОЦИАЦИЙ С ПРОДУКТИВНЫМИ КАЧЕСТВАМИ У ОТЕЧЕСТВЕННЫХ ПОРОД ЛОШАДЕЙ. Izdenister natigeler. 2023;(4 (100):11-19. doi:10.37884/4-2023/02

[1] 1. Wade C.M. Genome Sequence, Comparative Analysis, and Population Genetics of the Domestic Horse [Text] / C.M. Wade, E. Giulotto, S. Sigurdsson, et al. // Science. – 2009. – V. 326. – P. 865-867.

[2] 2. Finno C.J. Applied equine genetics [Text] / C.J. Finno, D.L. Bannasch // Equine Veterinary Journal. - 2014. – V. 46. – P. 538-544.

[3] 3. Hill E.W. A genome-wide SNP-association study confirms a sequence variant (g.66493737C>T) in the equine myostatin (MSTN) gene as the most powerful predictor of optimum racing distance for Thoroughbred racehorses [Text] / E.W. Hill, B.A. McGivney, J. Gu, et al. // BMC Genomics. – 2010. – V. 11. – P. 552-1-552-10.

[4] 4. Rieder S. Molecular tests for coat colours in horses [Text] / S. Rieder // J Anim Breed Genet. – 2009. – V. 126. – P. 415-424.

[5] 5. Brosnahan M.M. Equine clinical genomics: A clinician's primer [Text] / M.M. Brosnahan, S.A. Brooks, D.F. Antczak // Equine Vet. – 2010. – V. 42. – P. 658-670.

[6] 6. Chang C.C. Second-generation PLINK: rising to the challenge of larger and richer datasets [Text] / C.C. Chang, C.C. Chow, L.C. Tellier, et al. // GigaScience. - 2015. – V. 4. – P. 7-1-7-16.

[7] 7. Бейшова И.С. Изучение генетического разнообразия отечественных пород лошадей с использованием полногеномного анализа SNP [Текст] / И.С. Бейшова, Д.А. Гриценко, М.Х. Шамекова, А.С. Пожарский, Т.В. Ульянова, А.М. Ковальчук // Izdenister Natigeler. – 2023. - № 3 (99). - С. 48-58.

[8] 8. McLaren W. The Ensembl Variant Effect Predictor [Text] / W. McLaren, L. Gil, S.E. Hunt, et al. // Genome Biology. – 2016. – V. 17. – P. 122-1-122-14.

[9] 9. Sherman B.T. DAVID: a web server for functional enrichment analysis and functional annotation of gene lists (2021 update) [Text] / B.T. Sherman, M. Hao, J. Qiu, et al. // Nucleic Acids Research. - 2022. – V. 50. – P. 216-221.

[10] 10. Bailey E. Genetics of Thoroughbred Racehorse Performance [Text] / E. Bailey, J.L. Petersen, T.S. Kalbfleisch // Annual Review of Animal Biosciences. - 2022. – V. 10. – P. 131-150.

[11] 11. Raudsepp T. Ten years of the horse reference genome: insights into equine biology, domestication and population dynamics in the post-genome era [Text] / T. Raudsepp, C.J. Finno, R.R. Bellone, J.L. Petersen // Animal Genetics. - 2019. – V. 50. – P. 569-597.