ПОЛНОГЕНОМНЫЙ ПОИСК АССОЦИАЦИЙ С ПРОДУКТИВНЫМИ КАЧЕСТВАМИ У ОТЕЧЕСТВЕННЫХ ПОРОД ЛОШАДЕЙ

Индира Бейшова; Диляра Гриценко; Малика Шамекова; Александр Пожарский; Татьяна Ульянова; Александр Ковальчук

doi:10.37884/4-2023/02

Аңдатпа

Бұл мақалада Equine 80k HTS («Illumina Inc.», АҚШ) реагент жинағы арқылы талданған SNP генотиптеу деректері негізінде алынған отандық жылқы тұқымдарындағы өнімділік көрсеткіштері бір нуклеотидті полиморфизмдердің (SNPs) ассоциацияларын толық геномдық іздеу нәтижелері берілген. Зерттеу нысаны ретінде келесі жылқылардың тұқымдары мен типтері: қазақ типті жабы (n = 631), адай (n = 303) және найман (n = 158), мұғалжар (n = 584), көшім (n = 226) және қостанай (n = 116) тұқымдары болды. Үлгі алу алдында жылқылардың фенотиптік деректері бойынша мәліметтерді жинау жүргізіліп, келесі көрсеткіштер өлшенді: шоқтық биіктігі, дененің қиғаш ұзындығы, кеуде айналымы, білектің айналымы және тірі салмағы. Сапалық бақылау нәтижесінде таңдалған SNP-дің жалпы саны 60 987-ге тең болды. Ассоциацияларды толық геномдық іздеу PLINK1.9 бағдарламасындағы бірнеше салыстыру нәтижесінде p-мәнінің коррекциясы бар адаптивті Монте-Карло ауыстыруымен сызықтық регрессия арқылы орындалды. Талдау дәнекер тінінің, сүйек, жүйке, иммундық жүйені реттеуге және басқа да процестерге қатысатын гендермен байланысты 60 полиморфизмді анықтады. Жүргізілген жұмыс жеке белгілермен байланысты жалғыз SNP анықтау үшін толық геномдық ассоциациялық зерттеулерде мұндай тәсілді қолдану өзектілігі расталды.

ассоциацияларды толық геномдық іздеу жылқылар жабы типті адай типті найман типті мұғалжар тұқымы көшім тұқымы қостанай тұқымы SNP

01 Кіріспе

Мақаланың толық мәтіні оң жақ панельде PDF форматында жүктеу үшін қолжетімді.

02 Әдебиеттер тізімі

1. Wade C.M. Genome Sequence, Comparative Analysis, and Population Genetics of the Domestic Horse [Text] / C.M. Wade, E. Giulotto, S. Sigurdsson, et al. // Science. – 2009. – V. 326. – P. 865-867.
2. Finno C.J. Applied equine genetics [Text] / C.J. Finno, D.L. Bannasch // Equine Veterinary Journal. - 2014. – V. 46. – P. 538-544.
3. Hill E.W. A genome-wide SNP-association study confirms a sequence variant (g.66493737C>T) in the equine myostatin (MSTN) gene as the most powerful predictor of optimum racing distance for Thoroughbred racehorses [Text] / E.W. Hill, B.A. McGivney, J. Gu, et al. // BMC Genomics. – 2010. – V. 11. – P. 552-1-552-10.
4. Rieder S. Molecular tests for coat colours in horses [Text] / S. Rieder // J Anim Breed Genet. – 2009. – V. 126. – P. 415-424.
5. Brosnahan M.M. Equine clinical genomics: A clinician's primer [Text] / M.M. Brosnahan, S.A. Brooks, D.F. Antczak // Equine Vet. – 2010. – V. 42. – P. 658-670.
6. Chang C.C. Second-generation PLINK: rising to the challenge of larger and richer datasets [Text] / C.C. Chang, C.C. Chow, L.C. Tellier, et al. // GigaScience. - 2015. – V. 4. – P. 7-1-7-16.
7. Бейшова И.С. Изучение генетического разнообразия отечественных пород лошадей с использованием полногеномного анализа SNP [Текст] / И.С. Бейшова, Д.А. Гриценко, М.Х. Шамекова, А.С. Пожарский, Т.В. Ульянова, А.М. Ковальчук // Izdenister Natigeler. – 2023. - № 3 (99). - С. 48-58.
8. McLaren W. The Ensembl Variant Effect Predictor [Text] / W. McLaren, L. Gil, S.E. Hunt, et al. // Genome Biology. – 2016. – V. 17. – P. 122-1-122-14.
9. Sherman B.T. DAVID: a web server for functional enrichment analysis and functional annotation of gene lists (2021 update) [Text] / B.T. Sherman, M. Hao, J. Qiu, et al. // Nucleic Acids Research. - 2022. – V. 50. – P. 216-221.
10. Bailey E. Genetics of Thoroughbred Racehorse Performance [Text] / E. Bailey, J.L. Petersen, T.S. Kalbfleisch // Annual Review of Animal Biosciences. - 2022. – V. 10. – P. 131-150.
11. Raudsepp T. Ten years of the horse reference genome: insights into equine biology, domestication and population dynamics in the post-genome era [Text] / T. Raudsepp, C.J. Finno, R.R. Bellone, J.L. Petersen // Animal Genetics. - 2019. – V. 50. – P. 569-597.

Дәйексөз келтіру сілтемелері

[1]2023. ОТАНДЫҚ ЖЫЛҚЫ ТҰҚЫМДАРЫНЫҢ ӨНІМДІЛІК КӨРСЕТКІШТЕРІНІҢ АССОЦИАЦИЯЛАРЫН ТОЛЫҚ ГЕНОМДЫҚ ІЗДЕУ. Izdenister natigeler. 4 (100) (Dec. 2023), 11–19. DOI:https://doi.org/10.37884/4-2023/02.

(1)ОТАНДЫҚ ЖЫЛҚЫ ТҰҚЫМДАРЫНЫҢ ӨНІМДІЛІК КӨРСЕТКІШТЕРІНІҢ АССОЦИАЦИЯЛАРЫН ТОЛЫҚ ГЕНОМДЫҚ ІЗДЕУ. Izdenister natigeler 2023, No. 4 (100), 11-19. https://doi.org/10.37884/4-2023/02.

ОТАНДЫҚ ЖЫЛҚЫ ТҰҚЫМДАРЫНЫҢ ӨНІМДІЛІК КӨРСЕТКІШТЕРІНІҢ АССОЦИАЦИЯЛАРЫН ТОЛЫҚ ГЕНОМДЫҚ ІЗДЕУ. (2023). Izdenister Natigeler, 4 (100), 11-19. https://doi.org/10.37884/4-2023/02

ОТАНДЫҚ ЖЫЛҚЫ ТҰҚЫМДАРЫНЫҢ ӨНІМДІЛІК КӨРСЕТКІШТЕРІНІҢ АССОЦИАЦИЯЛАРЫН ТОЛЫҚ ГЕНОМДЫҚ ІЗДЕУ. Izdenister natigeler, [S. l.], n. 4 (100), p. 11–19, 2023. DOI: 10.37884/4-2023/02. Disponível em: https://kazvetjournal.kaznaru.edu.kz/index.php/research/article/view/427. Acesso em: 15 sep. 2026.

“ОТАНДЫҚ ЖЫЛҚЫ ТҰҚЫМДАРЫНЫҢ ӨНІМДІЛІК КӨРСЕТКІШТЕРІНІҢ АССОЦИАЦИЯЛАРЫН ТОЛЫҚ ГЕНОМДЫҚ ІЗДЕУ”. 2023. Izdenister Natigeler, no. 4 (100) (December): 11-19. https://doi.org/10.37884/4-2023/02.

“ОТАНДЫҚ ЖЫЛҚЫ ТҰҚЫМДАРЫНЫҢ ӨНІМДІЛІК КӨРСЕТКІШТЕРІНІҢ АССОЦИАЦИЯЛАРЫН ТОЛЫҚ ГЕНОМДЫҚ ІЗДЕУ” (2023) Izdenister natigeler, (4 (100), pp. 11–19. doi:10.37884/4-2023/02.

[1]“ОТАНДЫҚ ЖЫЛҚЫ ТҰҚЫМДАРЫНЫҢ ӨНІМДІЛІК КӨРСЕТКІШТЕРІНІҢ АССОЦИАЦИЯЛАРЫН ТОЛЫҚ ГЕНОМДЫҚ ІЗДЕУ”, Izdenister natigeler, no. 4 (100), pp. 11–19, Dec. 2023, doi: 10.37884/4-2023/02.

“ОТАНДЫҚ ЖЫЛҚЫ ТҰҚЫМДАРЫНЫҢ ӨНІМДІЛІК КӨРСЕТКІШТЕРІНІҢ АССОЦИАЦИЯЛАРЫН ТОЛЫҚ ГЕНОМДЫҚ ІЗДЕУ”. Izdenister Natigeler, no. 4 (100), Dec. 2023, pp. 11-19, https://doi.org/10.37884/4-2023/02.

“ОТАНДЫҚ ЖЫЛҚЫ ТҰҚЫМДАРЫНЫҢ ӨНІМДІЛІК КӨРСЕТКІШТЕРІНІҢ АССОЦИАЦИЯЛАРЫН ТОЛЫҚ ГЕНОМДЫҚ ІЗДЕУ”. Izdenister natigeler, no. 4 (100) (December 6, 2023): 11–19. Accessed September 15, 2026. https://kazvetjournal.kaznaru.edu.kz/index.php/research/article/view/427.

1.ОТАНДЫҚ ЖЫЛҚЫ ТҰҚЫМДАРЫНЫҢ ӨНІМДІЛІК КӨРСЕТКІШТЕРІНІҢ АССОЦИАЦИЯЛАРЫН ТОЛЫҚ ГЕНОМДЫҚ ІЗДЕУ. Izdenister natigeler [Internet]. 2023 Dec. 6 [cited 2026 Sep. 15];(4 (100):11-9. Available from: https://kazvetjournal.kaznaru.edu.kz/index.php/research/article/view/427

1.ОТАНДЫҚ ЖЫЛҚЫ ТҰҚЫМДАРЫНЫҢ ӨНІМДІЛІК КӨРСЕТКІШТЕРІНІҢ АССОЦИАЦИЯЛАРЫН ТОЛЫҚ ГЕНОМДЫҚ ІЗДЕУ. Izdenister natigeler. 2023;(4 (100):11-19. doi:10.37884/4-2023/02

[1] 1. Wade C.M. Genome Sequence, Comparative Analysis, and Population Genetics of the Domestic Horse [Text] / C.M. Wade, E. Giulotto, S. Sigurdsson, et al. // Science. – 2009. – V. 326. – P. 865-867.

[2] 2. Finno C.J. Applied equine genetics [Text] / C.J. Finno, D.L. Bannasch // Equine Veterinary Journal. - 2014. – V. 46. – P. 538-544.

[3] 3. Hill E.W. A genome-wide SNP-association study confirms a sequence variant (g.66493737C>T) in the equine myostatin (MSTN) gene as the most powerful predictor of optimum racing distance for Thoroughbred racehorses [Text] / E.W. Hill, B.A. McGivney, J. Gu, et al. // BMC Genomics. – 2010. – V. 11. – P. 552-1-552-10.

[4] 4. Rieder S. Molecular tests for coat colours in horses [Text] / S. Rieder // J Anim Breed Genet. – 2009. – V. 126. – P. 415-424.

[5] 5. Brosnahan M.M. Equine clinical genomics: A clinician's primer [Text] / M.M. Brosnahan, S.A. Brooks, D.F. Antczak // Equine Vet. – 2010. – V. 42. – P. 658-670.

[6] 6. Chang C.C. Second-generation PLINK: rising to the challenge of larger and richer datasets [Text] / C.C. Chang, C.C. Chow, L.C. Tellier, et al. // GigaScience. - 2015. – V. 4. – P. 7-1-7-16.

[7] 7. Бейшова И.С. Изучение генетического разнообразия отечественных пород лошадей с использованием полногеномного анализа SNP [Текст] / И.С. Бейшова, Д.А. Гриценко, М.Х. Шамекова, А.С. Пожарский, Т.В. Ульянова, А.М. Ковальчук // Izdenister Natigeler. – 2023. - № 3 (99). - С. 48-58.

[8] 8. McLaren W. The Ensembl Variant Effect Predictor [Text] / W. McLaren, L. Gil, S.E. Hunt, et al. // Genome Biology. – 2016. – V. 17. – P. 122-1-122-14.

[9] 9. Sherman B.T. DAVID: a web server for functional enrichment analysis and functional annotation of gene lists (2021 update) [Text] / B.T. Sherman, M. Hao, J. Qiu, et al. // Nucleic Acids Research. - 2022. – V. 50. – P. 216-221.

[10] 10. Bailey E. Genetics of Thoroughbred Racehorse Performance [Text] / E. Bailey, J.L. Petersen, T.S. Kalbfleisch // Annual Review of Animal Biosciences. - 2022. – V. 10. – P. 131-150.

[11] 11. Raudsepp T. Ten years of the horse reference genome: insights into equine biology, domestication and population dynamics in the post-genome era [Text] / T. Raudsepp, C.J. Finno, R.R. Bellone, J.L. Petersen // Animal Genetics. - 2019. – V. 50. – P. 569-597.