Кіру | Тіркелу
Қазақ ұлттық аграрлық зерттеу университеті ISSN 2304-3334 (Print)  ·  ISSN 2304-3334 (Online)
Мақала жіберу
Мәзір
Мақала жіберу
АУЫЛ ШАРУАШЫЛЫҒЫ, АГРОХИМИЯ, АЗЫҚ ӨНДІРУ, АГРОЭКОЛОГИЯ

ЖЕМІС ЖӘНЕ ЖИДЕК ВИРУСТАРЫНЫҢ МОЛЕКУЛАЛЫҚ ДИАГНОСТИКАСЫ ҮШІН ОҢТАЙЛАНДЫРЫЛҒАН РНҚ ЭКСТРАКЦИЯ ӘДІСІ

Карлыгаш Аубакирова 1 , Жибек Бакытжанова 1 , Лаура Ерболова 1 , Акбота Рахаткызы 1 , Нурбол Галиакпаров 1

1 М.А.Айтхожин атындағы Молекулалық биология және биохимия институты

doi.org/10.37884/3-2024/12 Бет. 108-114 Қабылданды 31.07.2024 Жарияланды 30.09.2023

Аңдатпа

Жоғары эффективті РНҚ-ны тиімді оқшаулау өсімдік РНҚ вирустарын молекулалық әдістермен анықтаудың маңызды кезеңі болып табылады. Жүзім, алма және басқа жеміс өсімдіктерінің жапырақтарынан РНҚ-ны бөліп алу РНҚ-мен байланысатын немесе онымен бірге тұнбаға түсетін полисахаридтердің, полифенолдардың және басқа қосылыстардың болуына байланысты қиын. Бұл жұмыста жүзім, алма, өрік, қара өрік және жаңғақ жапырақтарынан РНҚ бөліп алу үшін цетилтриметиламмоний бромиді (СТАВ) негізіндегі нұсқаулық қолданылады. PVP және 2-меркаптоэтанол, CТАB концентрациялары екі есе арттырылды. Әрбір жеміс дақылдары үшін 65 °C температурада CTAB экстракция буферімен инкубация уақыты оңтайландырылды. Жүзім және алма жапырақтары үшін оңтайлы инкубация уақыты - 40 минут, өрік жапырақтары үшін - 20 минут, қара өрік пен грек жаңғақ жапырақтары үшін - 30 минут. Үш түрлі РНҚ экстракция әдістерін салыстырмалы зерттеу нәтижесінде оңтайландырылған нұсқаулық негізінде алынған РНҚ-ның ең жоғары сапасы мен санын қамтамасыз ететінін көрсетті, электрофорез және спектрофотометриялық талдау арқылы расталды. Біздің ұсынып отырған нұсқаулықпен  бөлініп алынған РНҚ, кДНҚ және ПТР синтезі сияқты кейінгі молекулалық талдауларға жарамды, бұл оның жүзім, алма, өрік, қара өрік және жаңғақ сияқты жеміс ағаштарының әртүрлі түрлеріндегі вирустарды анықтауға жарамдылығын көрсетеді. ПТР көмегімен өсімдік РНҚ вирустарын анықтау бойынша қосымша зерттеулерде қолдану үшін өзгертілген әдіс ұсынылады.

жүзім, алма ағашы, өрік, қара өрік, грек жаңғағы, РНҚ бөліп алу, жеміс өсімдіктерінің вирустары, СТАВ.

01 Кіріспе

Мақаланың толық мәтіні оң жақ панельде PDF форматында жүктеу үшін қолжетімді.

02 Әдебиеттер тізімі

  1. 1. Mumford, R., Boonham, N., Tomlinson, J., Barker, I. Advances in molecular Phytodiagnostics - new solutions for old problems. Eur. J. Plant Pathol.- 2006. – 116. P 1–19.
  2. 2. Fan Yang, Guoping Wang, Wenxing Xu, Ni Hong. A rapid silica spin column-based method of RNA extraction from fruit trees for RT-PCR detection of viruses. Journal of Virological Methods. – 2017. – 247. P 61-67
  3. 3. Gambino, G., Perrone, I., Gribaudo, I. A rapid and effective method for RNA extraction from different tissues of grapevine and other woody plants. Phytochem. Anal. - 2008. V – 19. P 520–525.
  4. 4. Jones, A.T., McGavin, W.J. Improved PCR detection of Black currant reversion virus in ribes and further evidence that it is the causal agent of reversion disease. Plant Dis. - 2002. V – 86. P 1333–1338.
  5. 5. Li, R., Mock, R., Huang, Q., Abad, J., Hartung, J., Kinard, G. A reliable and inexpensive
  6. method of nucleic acid extraction for the PCR-based detection of diverse plant pathogens. J. Virol. Methods - 2008. V – 154. P 48–55.
  7. 6. Zulaeha S., Safarrida A., Suyono A., Dwi Hartuti E., Purwoko D., Tajuddin Т. A Simple and Efficient Protocol of RNA Extraction from Apple Leaves (Malus x domestica); A Silica Column-Based Method. International Journal of Agriculture System. – 2023. Vol. - 11. P 37-47.
  8. 7. Gehrig, H.H., Winter, K., Cushman, J., Borland, A., Taybi, T. An improved RNA isolation method for succulent plant species rich in polyphenols and polysaccharides. Plant Mol. Biol. Rep. - 2000. V – 18. P 369–376.
  9. 8. Wang, X., Tian, W., Li, Y. Development of an efficient protocol of RNA isolation from recalcitrant tree tissues. Mol. Biotechnol. - 2008. V – 38. P 57–64.
  10. 9. MacRae, E. Extraction of plant RNA. Methods Mol. Biol. - 2007. – 353. P 15–24.
  11. 10. Kansal, R., Kuhar, K., Verma, I., Gupta, R.N., Gupta, V.K., Koundal, K.R. Improved and convenient method of RNA isolation from polyphenols and polysaccharide rich plant tissues. Indian. J. Exp. Biol. - 2008. – 46. P 842–845.
  12. 11. N. Steinmetz, G. Michl, M. Maixner and C. Hoffmann A rapid and inexpensive RNA-extraction method for high-throughput virus detection in grapevine. Vitis. – 2020 V – 59. P 35–39.
  13. 12. Meisel, L., Fonseca, B., González, S., Baezayates, R., Cambiazo, V., Campos, R., Gonzalez,
  14. M., Oreliana, A., Retamales, J., Silva, H. A rapid and efficient method for
  15. purifying high quality total RNA from peaches (Prunus persica) for functional genomics analyses. Biol. Res. - 2005. V – 38. P 83–88.
  16. 13. Tattersall, E.A.R., Ergul, A., Alkayal, F., Deluc, L., Cushman, J.C., Cramer, G.R. Comparison of methods for isolating high-quality RNA from leaves of grapevine. Am. J. Enol. Vitic. - 2005. V – 56. P 400–406.
  17. 14. Portillo, M., Fenoll, C., Escobar, C. Evaluation of different RNA extraction methods for small quantities of plant tissue: combined effects of reagent type and homogenization procedure on RNA quality, integrity and yield. Physiol. Plant. - 2006. – 128. P 1–7.
  18. 15. Kalinowska, E., Chodorska, M., Paduch-Cichal, E., Mroczkowska, K. An improved method for RNA isolation from plants using commercial extraction kits. Acta Biochim. Pol. - 2012. V – 59. P 391–393.
  19. 16. Asif, M.H., Dhawan, P., Nath, P. A simple procedure for the isolation of high quality RNA from ripening banana fruit. Plant Mol. Biol. Rep. - 2000. – 18. P 109–115.
  20. 17. Gasic, K., Hernandez, A., Korban, S.S. RNA extraction from different apple tissues rich in polyphenols and polysaccharides for cDNA library construction. Plant Mol.
  21. Biol. Rep. - 2004. V – 22. P 437.
  22. 18.Dellapоrta S.L., Wооd J., Hicks J.B. A plant DNA mini preparatiоn Versiоn II. Plant Mоlecular Biоlogy Reporter. – 1983. Vol. 1. – P. 19-21.
  23. 19. Dоyle J.J., Dоyle J.L. Isоlatiоn оf plant DNA frоm fresh tissue Fоcus 12: – 1990. – P. 13-15.

Дәйексөз келтіру сілтемелері

[1]2023. ЖЕМІС ЖӘНЕ ЖИДЕК ВИРУСТАРЫНЫҢ МОЛЕКУЛАЛЫҚ ДИАГНОСТИКАСЫ ҮШІН ОҢТАЙЛАНДЫРЫЛҒАН РНҚ ЭКСТРАКЦИЯ ӘДІСІ. Izdenister natigeler. 3(103) (Sep. 2023), 108–114. DOI:https://doi.org/10.37884/3-2024/12.
(1)ЖЕМІС ЖӘНЕ ЖИДЕК ВИРУСТАРЫНЫҢ МОЛЕКУЛАЛЫҚ ДИАГНОСТИКАСЫ ҮШІН ОҢТАЙЛАНДЫРЫЛҒАН РНҚ ЭКСТРАКЦИЯ ӘДІСІ. Izdenister natigeler 2023, No. 3(103), 108-114. https://doi.org/10.37884/3-2024/12.
ЖЕМІС ЖӘНЕ ЖИДЕК ВИРУСТАРЫНЫҢ МОЛЕКУЛАЛЫҚ ДИАГНОСТИКАСЫ ҮШІН ОҢТАЙЛАНДЫРЫЛҒАН РНҚ ЭКСТРАКЦИЯ ӘДІСІ. (2023). Izdenister Natigeler, 3(103), 108-114. https://doi.org/10.37884/3-2024/12
ЖЕМІС ЖӘНЕ ЖИДЕК ВИРУСТАРЫНЫҢ МОЛЕКУЛАЛЫҚ ДИАГНОСТИКАСЫ ҮШІН ОҢТАЙЛАНДЫРЫЛҒАН РНҚ ЭКСТРАКЦИЯ ӘДІСІ. Izdenister natigeler, [S. l.], n. 3(103), p. 108–114, 2023. DOI: 10.37884/3-2024/12. Disponível em: https://kazvetjournal.kaznaru.edu.kz/index.php/research/article/view/691. Acesso em: 15 sep. 2026.
“ЖЕМІС ЖӘНЕ ЖИДЕК ВИРУСТАРЫНЫҢ МОЛЕКУЛАЛЫҚ ДИАГНОСТИКАСЫ ҮШІН ОҢТАЙЛАНДЫРЫЛҒАН РНҚ ЭКСТРАКЦИЯ ӘДІСІ”. 2023. Izdenister Natigeler, no. 3(103) (September): 108-14. https://doi.org/10.37884/3-2024/12.
“ЖЕМІС ЖӘНЕ ЖИДЕК ВИРУСТАРЫНЫҢ МОЛЕКУЛАЛЫҚ ДИАГНОСТИКАСЫ ҮШІН ОҢТАЙЛАНДЫРЫЛҒАН РНҚ ЭКСТРАКЦИЯ ӘДІСІ” (2023) Izdenister natigeler, (3(103), pp. 108–114. doi:10.37884/3-2024/12.
[1]“ЖЕМІС ЖӘНЕ ЖИДЕК ВИРУСТАРЫНЫҢ МОЛЕКУЛАЛЫҚ ДИАГНОСТИКАСЫ ҮШІН ОҢТАЙЛАНДЫРЫЛҒАН РНҚ ЭКСТРАКЦИЯ ӘДІСІ”, Izdenister natigeler, no. 3(103), pp. 108–114, Sep. 2023, doi: 10.37884/3-2024/12.
“ЖЕМІС ЖӘНЕ ЖИДЕК ВИРУСТАРЫНЫҢ МОЛЕКУЛАЛЫҚ ДИАГНОСТИКАСЫ ҮШІН ОҢТАЙЛАНДЫРЫЛҒАН РНҚ ЭКСТРАКЦИЯ ӘДІСІ”. Izdenister Natigeler, no. 3(103), Sept. 2023, pp. 108-14, https://doi.org/10.37884/3-2024/12.
“ЖЕМІС ЖӘНЕ ЖИДЕК ВИРУСТАРЫНЫҢ МОЛЕКУЛАЛЫҚ ДИАГНОСТИКАСЫ ҮШІН ОҢТАЙЛАНДЫРЫЛҒАН РНҚ ЭКСТРАКЦИЯ ӘДІСІ”. Izdenister natigeler, no. 3(103) (September 30, 2023): 108–114. Accessed September 15, 2026. https://kazvetjournal.kaznaru.edu.kz/index.php/research/article/view/691.
1.ЖЕМІС ЖӘНЕ ЖИДЕК ВИРУСТАРЫНЫҢ МОЛЕКУЛАЛЫҚ ДИАГНОСТИКАСЫ ҮШІН ОҢТАЙЛАНДЫРЫЛҒАН РНҚ ЭКСТРАКЦИЯ ӘДІСІ. Izdenister natigeler [Internet]. 2023 Sep. 30 [cited 2026 Sep. 15];(3(103):108-14. Available from: https://kazvetjournal.kaznaru.edu.kz/index.php/research/article/view/691
1.ЖЕМІС ЖӘНЕ ЖИДЕК ВИРУСТАРЫНЫҢ МОЛЕКУЛАЛЫҚ ДИАГНОСТИКАСЫ ҮШІН ОҢТАЙЛАНДЫРЫЛҒАН РНҚ ЭКСТРАКЦИЯ ӘДІСІ. Izdenister natigeler. 2023;(3(103):108-114. doi:10.37884/3-2024/12