МОЛЕКУЛЯРНАЯ ДИАГНОСТИКА ВИРУСОВ СЕМЕЧКОВЫХ КУЛЬТУР НА ЮГЕ И ЮГО-ВОСТОКЕ КАЗАХСТАНА С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ РТ-ПЦР

Айгуль Маденова; Динара Калдыбаева; Еркеназ Кайыпжан; Жанкелды Айтымбет; Тынышбек Есжанов; Райгүл Әбдікәрімова

doi:10.37884/3-2025/28

Аңдатпа

Дәнек жемісті дақылдарының вирустық аурулары Қазақстанның оңтүстік өңірлерінің бау-бақшасына елеулі қауіп төндіреді, бұл екпелердің өнімділігі мен беріктігін төмендетеді. Бұл зерттеудің мақсаты кері транскрипция – нақты уақыттағы полимеразды тізбекті реакция (RT-ПТР, RT-qPCR) арқылы ең көп таралған Анар дақылдарының вирустарының кешенін анықтау болды. 2023-2024 жылдары Алматы, Жамбыл және Түркістан облыстарында іріктелген алма мен алмұрттың 57 үлгісі зерттелді. Барлығы алты вирус сыналды: ApMV, ASGV, ApNMV, AGCaV, ARWV1 және ARWV2. Нәтижесінде үш вирус анықталды: ApMV (үлгілердің 18,3%), ASGV (12,4%) және ApNMV (9,7%). Agcav, ARWV1 және ARWV2 вирустары табылған жоқ. Ең көп инфекция "Апорт" және "Алтын дәмді" алма сорттарында байқалды, ал алмұртта вирустар сирек кездеседі. Алғаш рет Қазақстанның оңтүстік өңірлерінде тұқым дақылдары вирустары кешенінің таралуы туралы жүйелі деректер ұсынылды, бұл отырғызу материалын сауықтыру және фитосанитариялық мониторингті ұйымдастыру жөніндегі бағдарламаларды әзірлеу үшін практикалық маңызы бар.

Шекілдеуік дақылдар алма ағашы вирустық инфекциялар фитосанитарлық мониторинг кері транскрипциялы полимеразалық тізбекті реакция (КТ-ПТР) бақ шаруашылығы патогендер

01 Кіріспе

Мақаланың толық мәтіні оң жақ панельде PDF форматында жүктеу үшін қолжетімді.

02 Әдебиеттер тізімі

1. Bramel P.J.; Volk G., A Global Strategy for the Conservation and Use of Apple Genetic Resources; Global Crop Diversity Trust: Bonn, Germany, 2019; 52p. http://dx.doi.org/10.13140/RG.2.2.34072.34562
2. Galymbek K., Madenova A. K., Bakirov S. B., Kabylbekova B. Zh., Irkitbay A., Aitymbet Zh., Kaldybayeva D. I., Abdikarimova R. and Bolat M., Monitoring the distribution and development of apple scab (Venturia inaequalis) and powdery mildew (Podosphaera leucotricha) disease in the southern and southeast regions of Kazakhstan. Bull. Karaganda Univ. Biol. Med. Geography Series. 110: – 2023. C.38-46. https://doi.org/10.37884/3-2024/15
3. Xu H. et al. Association of apple scar skin viroid (ASSVd) infection with an emerging disease in ‘Saiwaihong’apples //Plant Disease. – 2024. – Т. 108. – №. 10. – С.3170-3175. https://doi.org/10.1094/pdis-02-24-0328-re
4. Cardinale B.J., Matulich K.L., Hooper D.U., Byrnes J.E., Duffy E., Gamfeldt L., ... & Gonzalez, A. The functional role of producer diversity in ecosystems //American journal of botany. – 2011. – Т. 98. – №. 3. – С. 572-592. https://doi.org/10.3732/ajb.1000364
5. Назаров П.А, Балеев Д.Н., Иванова М.И., Соколова Л.М., Каракозова М.В. Инфекционные болезни растений: этиология, современное состояние, проблемы и перспективы защиты растений // Acta Naturae (русскоязычная версия). 2020. №3 (46). https://doi.org/10.32607/actanaturae.11026
6. Saade M, Aparicio F, Sánchez-Navarro J.A, Herranz M.C, Myrta A, Di Terlizzi B, Pallás V. Simultaneous detection of the three ilarviruses affecting stone fruit trees by nonisotopic molecular hybridization and multiplex reverse-transcription polymerase chain reaction. Phytopathology. 2000 Dec; 90(12):1330-6. https://doi.org/10.1094/phyto.2000.90.12.1330
7. Chai G., Song L., Jiang Z., Zhang X., Zhang S., Liu M., ... & Zhao L.L. The effect of apple mosaic on photosynthesis of different varieties of apple. Yantai Fruits, 2017. 3, 8-9.
8. Chen S., Ye T., Hao L., Chen H., Wang S., Fan Z., ... & Zhou T. Infection of apple by apple stem grooving virus leads to extensive alterations in gene expression patterns but no disease symptoms //PLoS One. 2014. Т.9. №.4. С. e95239. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0095239
9. Noda H., Yamagishi N., Yaegashi H., Xing F., Xie J., Li S., & Yoshikawa N. Apple necrotic mosaic virus, a novel ilarvirus from mosaic-diseased apple trees in Japan and China //Journal of General Plant Pathology. – 2017. – Т. 83. – №. 2. – С. 83-90. https://doi.org/10.1007/s10327-017-0695-x
10. James D., Varga A., Jesperson G. D., Navratil M., Safarova D., Constable F., & Jelkmann W. Identification and complete genome analysis of a virus variant or putative new foveavirus associated with apple green crinkle disease //Archives of Virology. – 2013. – Т. 158. – №. 9. – С. 1877-1887. https://doi.org/10.1007/s00705-013-1678-7
11. Rott M. E., Kesanakurti P., Berwarth C., Rast H., Boyes I., Phelan J., & Jelkmann W. Discovery of negative-sense RNA viruses in trees infected with apple rubbery wood disease by next-generation sequencing //Plant Disease. 2018. Т.102. №.7. С.1254-1263. https://doi.org/10.1094/PDIS-06-17-0851-RE
12. Wang Y., Wang G. P., Hong N., Wang Y. X., Yang Z. K., Guo J. S., ... & Qi L.Y. First report of apple rubbery wood virus 2 infecting pear (Pyrus spp.) in China //Plant Disease. – 2019. – Т. 103. – №. 12. – С. 3293-3293. https://doi.org/10.1094/PDIS-07-19-1451-PDN
13. Упадышев М.Т., Метлицкая К.В., Петрова А.Д. Распространенность вирусных болезней плодовых и ягодных культур //Плодоводство и виноградарство юга России. – 2017. – №. 44. – С. 5-16.
14. Jeong H.W., Go S.M., Jeong R.D. Rapid and specific detection of apple chlorotic leaf spot virus in pear by reverse-transcription recombinase polymerase amplification //Acta Virol. – 2021. – Т. 65. – №. 65. – С. 237-241. http://dx.doi.org/10.4149/av_2021_214
15. Hu G.J. et al. First report of apple rubbery wood virus 1 in apple in China //Plant Disease. – 2021. – Т. 105. – №. 11. http://dx.doi.org/10.1094/PDIS-01-21-0175-PDN
16. Cembali T.; Folwell R.J.; Wandschneider P.; Eastwell K.C.; Howell W.E. Economic implications of a virus prevention program in deciduous tree fruits in the US.Crop Prot.2003,22, 1149–1156. http://dx.doi.org/10.1016/S0261-2194(03)00156-X
17. Маденова А. и др. Идентификация вирусных заболевании яблони в казахстанских садах методом от-пцр-рв //Izdenister natigeler. – 2024. – №. 3 (103). – С. 97-108. https://doi.org/10.37884/3-2024/11
18. Zohary D., Hopf M., Weiss E. Domestication of Plants in the Old World: The origin and spread of domesticated plants in Southwest Asia, Europe, and the Mediterranean Basin. – Oxford University Press, 2012. http://dx.doi.org/10.1093/acprof:osobl/9780199549061.001.0001
19. Shokri S. et al. Evolution and biogeography of apple stem grooving virus //Virology Journal. – 2023. – Т. 20. – №. 1. – С. 105. http://dx.doi.org/10.1186/s12985-023-02075-2
20. Xing F. et al. Genomic analysis, sequence diversity, and occurrence of apple necrotic mosaic virus, a novel ilarvirus associated with mosaic disease of apple trees in China //Plant disease. – 2018. – Т. 102. – №. 9. – С. 1841-1847. https://doi.org/10.1094/pdis-10-17-1580-re
21. Liu W. Et al. Research progress on genetic basis of fruit quality traits in apple (Malus× domestica) //Frontiers in Plant Science. – 2022. – Т. 13. – С. 918202. http://dx.doi.org/10.3389/fpls.2022.918202
22. Волков Ю.Г. и др. Вирусные заболевания плодово ягодных культур на юге российского дальнего востока //Юг России: экология, развитие. – 2022. – т. 17. – №. 4 (65). – с. 88-100. https://doi.org/10.18470/1992-1098-2022-4-88-100
23. Çelik A. Incidence and coat protein characterization of apple stem pitting virus isolates from Isparta province of Turkey //Uluslararası Tarım ve Yaban Hayatı Bilimleri Dergisi. – 2022. – Т. 8. – №. 3. – С. 475-483. http://dx.doi.org/10.24180/ijaws.1180101
24. Khan Z. A. et al. Assessing the de novo assemblers: a metaviromic study of apple and first report of citrus concave gum-associated virus, apple rubbery wood virus 1 and 2 infecting apple in India //BMC genomics. – 2024. – Т. 25. – №. 1. – С. 1057.

Дәйексөз келтіру сілтемелері

[1]2025. ҚАЗАҚСТАННЫҢ ОҢТҮСТІК ЖӘНЕ ОҢТҮСТІК-ШЫҒЫС АЙМАҚТАРЫНДАҒЫ АЛМА АҒАШТАРЫН ВИРУСҚА RT-ПТР ӘДІСІМЕН МОЛЕКУЛАЛЫҚ ДИАГНОСТИКАЛАУ . Izdenister natigeler. 3 (107) (Sep. 2025), 293–304. DOI:https://doi.org/10.37884/3-2025/28.

(1)ҚАЗАҚСТАННЫҢ ОҢТҮСТІК ЖӘНЕ ОҢТҮСТІК-ШЫҒЫС АЙМАҚТАРЫНДАҒЫ АЛМА АҒАШТАРЫН ВИРУСҚА RT-ПТР ӘДІСІМЕН МОЛЕКУЛАЛЫҚ ДИАГНОСТИКАЛАУ . Izdenister natigeler 2025, No. 3 (107), 293-304. https://doi.org/10.37884/3-2025/28.

ҚАЗАҚСТАННЫҢ ОҢТҮСТІК ЖӘНЕ ОҢТҮСТІК-ШЫҒЫС АЙМАҚТАРЫНДАҒЫ АЛМА АҒАШТАРЫН ВИРУСҚА RT-ПТР ӘДІСІМЕН МОЛЕКУЛАЛЫҚ ДИАГНОСТИКАЛАУ . (2025). Izdenister Natigeler, 3 (107), 293-304. https://doi.org/10.37884/3-2025/28

ҚАЗАҚСТАННЫҢ ОҢТҮСТІК ЖӘНЕ ОҢТҮСТІК-ШЫҒЫС АЙМАҚТАРЫНДАҒЫ АЛМА АҒАШТАРЫН ВИРУСҚА RT-ПТР ӘДІСІМЕН МОЛЕКУЛАЛЫҚ ДИАГНОСТИКАЛАУ . Izdenister natigeler, [S. l.], n. 3 (107), p. 293–304, 2025. DOI: 10.37884/3-2025/28. Disponível em: https://kazvetjournal.kaznaru.edu.kz/index.php/research/article/view/1046. Acesso em: 15 sep. 2026.

“ҚАЗАҚСТАННЫҢ ОҢТҮСТІК ЖӘНЕ ОҢТҮСТІК-ШЫҒЫС АЙМАҚТАРЫНДАҒЫ АЛМА АҒАШТАРЫН ВИРУСҚА RT-ПТР ӘДІСІМЕН МОЛЕКУЛАЛЫҚ ДИАГНОСТИКАЛАУ ”. 2025. Izdenister Natigeler, no. 3 (107) (September): 293-304. https://doi.org/10.37884/3-2025/28.

“ҚАЗАҚСТАННЫҢ ОҢТҮСТІК ЖӘНЕ ОҢТҮСТІК-ШЫҒЫС АЙМАҚТАРЫНДАҒЫ АЛМА АҒАШТАРЫН ВИРУСҚА RT-ПТР ӘДІСІМЕН МОЛЕКУЛАЛЫҚ ДИАГНОСТИКАЛАУ ” (2025) Izdenister natigeler, (3 (107), pp. 293–304. doi:10.37884/3-2025/28.

[1]“ҚАЗАҚСТАННЫҢ ОҢТҮСТІК ЖӘНЕ ОҢТҮСТІК-ШЫҒЫС АЙМАҚТАРЫНДАҒЫ АЛМА АҒАШТАРЫН ВИРУСҚА RT-ПТР ӘДІСІМЕН МОЛЕКУЛАЛЫҚ ДИАГНОСТИКАЛАУ ”, Izdenister natigeler, no. 3 (107), pp. 293–304, Sep. 2025, doi: 10.37884/3-2025/28.

“ҚАЗАҚСТАННЫҢ ОҢТҮСТІК ЖӘНЕ ОҢТҮСТІК-ШЫҒЫС АЙМАҚТАРЫНДАҒЫ АЛМА АҒАШТАРЫН ВИРУСҚА RT-ПТР ӘДІСІМЕН МОЛЕКУЛАЛЫҚ ДИАГНОСТИКАЛАУ ”. Izdenister Natigeler, no. 3 (107), Sept. 2025, pp. 293-04, https://doi.org/10.37884/3-2025/28.

“ҚАЗАҚСТАННЫҢ ОҢТҮСТІК ЖӘНЕ ОҢТҮСТІК-ШЫҒЫС АЙМАҚТАРЫНДАҒЫ АЛМА АҒАШТАРЫН ВИРУСҚА RT-ПТР ӘДІСІМЕН МОЛЕКУЛАЛЫҚ ДИАГНОСТИКАЛАУ ”. Izdenister natigeler, no. 3 (107) (September 30, 2025): 293–304. Accessed September 15, 2026. https://kazvetjournal.kaznaru.edu.kz/index.php/research/article/view/1046.

1.ҚАЗАҚСТАННЫҢ ОҢТҮСТІК ЖӘНЕ ОҢТҮСТІК-ШЫҒЫС АЙМАҚТАРЫНДАҒЫ АЛМА АҒАШТАРЫН ВИРУСҚА RT-ПТР ӘДІСІМЕН МОЛЕКУЛАЛЫҚ ДИАГНОСТИКАЛАУ . Izdenister natigeler [Internet]. 2025 Sep. 30 [cited 2026 Sep. 15];(3 (107):293-304. Available from: https://kazvetjournal.kaznaru.edu.kz/index.php/research/article/view/1046

1.ҚАЗАҚСТАННЫҢ ОҢТҮСТІК ЖӘНЕ ОҢТҮСТІК-ШЫҒЫС АЙМАҚТАРЫНДАҒЫ АЛМА АҒАШТАРЫН ВИРУСҚА RT-ПТР ӘДІСІМЕН МОЛЕКУЛАЛЫҚ ДИАГНОСТИКАЛАУ . Izdenister natigeler. 2025;(3 (107):293-304. doi:10.37884/3-2025/28

[1] 1. Bramel P.J.; Volk G., A Global Strategy for the Conservation and Use of Apple Genetic Resources; Global Crop Diversity Trust: Bonn, Germany, 2019; 52p. http://dx.doi.org/10.13140/RG.2.2.34072.34562

[2] 2. Galymbek K., Madenova A. K., Bakirov S. B., Kabylbekova B. Zh., Irkitbay A., Aitymbet Zh., Kaldybayeva D. I., Abdikarimova R. and Bolat M., Monitoring the distribution and development of apple scab (Venturia inaequalis) and powdery mildew (Podosphaera leucotricha) disease in the southern and southeast regions of Kazakhstan. Bull. Karaganda Univ. Biol. Med. Geography Series. 110: – 2023. C.38-46. https://doi.org/10.37884/3-2024/15

[3] 3. Xu H. et al. Association of apple scar skin viroid (ASSVd) infection with an emerging disease in ‘Saiwaihong’apples //Plant Disease. – 2024. – Т. 108. – №. 10. – С.3170-3175. https://doi.org/10.1094/pdis-02-24-0328-re

[4] 4. Cardinale B.J., Matulich K.L., Hooper D.U., Byrnes J.E., Duffy E., Gamfeldt L., ... & Gonzalez, A. The functional role of producer diversity in ecosystems //American journal of botany. – 2011. – Т. 98. – №. 3. – С. 572-592. https://doi.org/10.3732/ajb.1000364

[5] 5. Назаров П.А, Балеев Д.Н., Иванова М.И., Соколова Л.М., Каракозова М.В. Инфекционные болезни растений: этиология, современное состояние, проблемы и перспективы защиты растений // Acta Naturae (русскоязычная версия). 2020. №3 (46). https://doi.org/10.32607/actanaturae.11026

[6] 6. Saade M, Aparicio F, Sánchez-Navarro J.A, Herranz M.C, Myrta A, Di Terlizzi B, Pallás V. Simultaneous detection of the three ilarviruses affecting stone fruit trees by nonisotopic molecular hybridization and multiplex reverse-transcription polymerase chain reaction. Phytopathology. 2000 Dec; 90(12):1330-6. https://doi.org/10.1094/phyto.2000.90.12.1330

[7] 7. Chai G., Song L., Jiang Z., Zhang X., Zhang S., Liu M., ... & Zhao L.L. The effect of apple mosaic on photosynthesis of different varieties of apple. Yantai Fruits, 2017. 3, 8-9.

[8] 8. Chen S., Ye T., Hao L., Chen H., Wang S., Fan Z., ... & Zhou T. Infection of apple by apple stem grooving virus leads to extensive alterations in gene expression patterns but no disease symptoms //PLoS One. 2014. Т.9. №.4. С. e95239. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0095239

[9] 9. Noda H., Yamagishi N., Yaegashi H., Xing F., Xie J., Li S., & Yoshikawa N. Apple necrotic mosaic virus, a novel ilarvirus from mosaic-diseased apple trees in Japan and China //Journal of General Plant Pathology. – 2017. – Т. 83. – №. 2. – С. 83-90. https://doi.org/10.1007/s10327-017-0695-x

[10] 10. James D., Varga A., Jesperson G. D., Navratil M., Safarova D., Constable F., & Jelkmann W. Identification and complete genome analysis of a virus variant or putative new foveavirus associated with apple green crinkle disease //Archives of Virology. – 2013. – Т. 158. – №. 9. – С. 1877-1887. https://doi.org/10.1007/s00705-013-1678-7

[11] 11. Rott M. E., Kesanakurti P., Berwarth C., Rast H., Boyes I., Phelan J., & Jelkmann W. Discovery of negative-sense RNA viruses in trees infected with apple rubbery wood disease by next-generation sequencing //Plant Disease. 2018. Т.102. №.7. С.1254-1263. https://doi.org/10.1094/PDIS-06-17-0851-RE

[12] 12. Wang Y., Wang G. P., Hong N., Wang Y. X., Yang Z. K., Guo J. S., ... & Qi L.Y. First report of apple rubbery wood virus 2 infecting pear (Pyrus spp.) in China //Plant Disease. – 2019. – Т. 103. – №. 12. – С. 3293-3293. https://doi.org/10.1094/PDIS-07-19-1451-PDN

[13] 13. Упадышев М.Т., Метлицкая К.В., Петрова А.Д. Распространенность вирусных болезней плодовых и ягодных культур //Плодоводство и виноградарство юга России. – 2017. – №. 44. – С. 5-16.

[14] 14. Jeong H.W., Go S.M., Jeong R.D. Rapid and specific detection of apple chlorotic leaf spot virus in pear by reverse-transcription recombinase polymerase amplification //Acta Virol. – 2021. – Т. 65. – №. 65. – С. 237-241. http://dx.doi.org/10.4149/av_2021_214

[15] 15. Hu G.J. et al. First report of apple rubbery wood virus 1 in apple in China //Plant Disease. – 2021. – Т. 105. – №. 11. http://dx.doi.org/10.1094/PDIS-01-21-0175-PDN

[16] 16. Cembali T.; Folwell R.J.; Wandschneider P.; Eastwell K.C.; Howell W.E. Economic implications of a virus prevention program in deciduous tree fruits in the US.Crop Prot.2003,22, 1149–1156. http://dx.doi.org/10.1016/S0261-2194(03)00156-X

[17] 17. Маденова А. и др. Идентификация вирусных заболевании яблони в казахстанских садах методом от-пцр-рв //Izdenister natigeler. – 2024. – №. 3 (103). – С. 97-108. https://doi.org/10.37884/3-2024/11

[18] 18. Zohary D., Hopf M., Weiss E. Domestication of Plants in the Old World: The origin and spread of domesticated plants in Southwest Asia, Europe, and the Mediterranean Basin. – Oxford University Press, 2012. http://dx.doi.org/10.1093/acprof:osobl/9780199549061.001.0001

[19] 19. Shokri S. et al. Evolution and biogeography of apple stem grooving virus //Virology Journal. – 2023. – Т. 20. – №. 1. – С. 105. http://dx.doi.org/10.1186/s12985-023-02075-2

[20] 20. Xing F. et al. Genomic analysis, sequence diversity, and occurrence of apple necrotic mosaic virus, a novel ilarvirus associated with mosaic disease of apple trees in China //Plant disease. – 2018. – Т. 102. – №. 9. – С. 1841-1847. https://doi.org/10.1094/pdis-10-17-1580-re

[21] 21. Liu W. Et al. Research progress on genetic basis of fruit quality traits in apple (Malus× domestica) //Frontiers in Plant Science. – 2022. – Т. 13. – С. 918202. http://dx.doi.org/10.3389/fpls.2022.918202

[22] 22. Волков Ю.Г. и др. Вирусные заболевания плодово ягодных культур на юге российского дальнего востока //Юг России: экология, развитие. – 2022. – т. 17. – №. 4 (65). – с. 88-100. https://doi.org/10.18470/1992-1098-2022-4-88-100

[23] 23. Çelik A. Incidence and coat protein characterization of apple stem pitting virus isolates from Isparta province of Turkey //Uluslararası Tarım ve Yaban Hayatı Bilimleri Dergisi. – 2022. – Т. 8. – №. 3. – С. 475-483. http://dx.doi.org/10.24180/ijaws.1180101

[24] 24. Khan Z. A. et al. Assessing the de novo assemblers: a metaviromic study of apple and first report of citrus concave gum-associated virus, apple rubbery wood virus 1 and 2 infecting apple in India //BMC genomics. – 2024. – Т. 25. – №. 1. – С. 1057.